Der Erfolg des SNI basiert auf dem interdisziplinären Netzwerk, das sich über die Jahre aufgebaut und gefestigt hat. Zu diesem Netzwerk gehören verschiedene Departemente der Universität Basel, Forschungsgruppen der Fachhochschule Nordwestschweiz (FHNW) in Muttenz und Windisch, des Paul Scherrer Instituts (PSI), des Department of Biosystems Science and Engineering der ETH Zürich in Basel (D-BSSE), des CSEM (Centre Suisse d’Electronique et de Microtechnique) in Muttenz und des Technologietransferzentrums ANAXAM. Zu dem erweiterten Netzwerk zählen zudem das Hightech Zentrum Aargau sowie Basel Area Business & Innovation.

Innerhalb des SNI-Netzwerks bestehen auch zahlreiche Kontakte zu Industrieunternehmen, die im Rahmen des Nano-Argovia-Programm mit SNI-Mitgliedern an angewandten Forschungsprojekten arbeiten. Bei etwa der Hälfte der geförderte angewandten Projekten sind Firmen aus dem stark industriell geprägten Wirtschaftsstandort Aargau beteiligt, in dem Nanotechnologien in Industrie und Forschung eine hohe Relevanz besitzen.

Durch eine SNI-Mitgliedschaft, die unter anderem durch die Beteiligung an SNI-Projekten erworben wird, und durch interdisziplinäre wissenschaftliche Tagungen der Mitglieder wird der Austausch innerhalb des Netzwerks immer wieder neu angeregt und gefördert.